Jérémie, Odd, Ulrich et Yumi découvrent un monde virtuel appelé Lyoko. Ils rencontrent Aelita, une jeune fille prisonnière sur Lyoko. Ensemble, ils combattent une intelligence artificielle maléfique nommé XANA qui menace à la fois le monde réel et virtuel. En utilisant leurs compétences uniques et en naviguant entre les deux mondes, ils tentent de déjouer les plans de XANA tout en gardant leur secret en sécurité.