Après s'être échappé du supercalculateur, XANA est à nouveau actif et plus menaçant que jamais. Jérémie améliore le Superscan pour repérer XANA dans le réseau informatique mondial et travaille sur un moyen d'envoyer les Lyoko-guerriers dans le réseau. Les héros doivent faire face à des attaques plus intenses, protéger le Cœur de Lyoko, et gérer leurs vies scolaires, tout en envisageant de recruter un nouveau membre pour renforcer leur équipe.