Alors que Jérémie et Aelita font renaître Lyoko, un William amnésique sème le chaos. Manipulé par XANA, il enlève Aelita et menace le monde virtuel. Face à un ennemi redoutable, les héros se dotent de nouveaux pouvoirs et explorent la Mer Numérique pour anéantir les Réplikas de XANA. Un combat ultime oppose les héros à XANA, avec le destin d'Aelita et de Lyoko en jeu. Le sacrifice d'un être cher sera nécessaire pour sauver le monde virtuel et ramener la paix.